一种日本囊对虾G642A单核苷酸多态性位点的筛选及检测方法，涉及日本囊对虾。采用PAMSA方法设计特异性引物，可方便、快捷通过聚丙酰胺凝胶电泳进行日本囊对虾单核苷酸多态性标记验证及基因分型，并具有筛选检测费用低、操作简便快速等优点，有利于日本囊对虾系谱鉴定、遗传连锁图谱构建等研究开展。可在没有已知的日本囊对虾基因组DNA单核苷酸多态性位点的信息下，通过转录组混合样测序，利用生物信息学分析筛选G642A单核苷酸多态性位点；并采用PAMSA方法设计特异性引物，不仅可便捷的通过聚丙酰胺凝胶电泳完成日本囊对虾G642A单核苷酸多态性检测、验证及基因分型，而且筛选检测费用低、操作简便快速。