本发明公开了一种地铁车站深基坑开挖施工方法，所开挖基坑的上部为砂卵石地层且其下部为泥岩地层，包括步骤：一、降水施工：采用降水井对砂卵石地层进行降水施工；二、基坑开挖，过程如下：基坑分区：将所开挖基坑划分为多个小基坑分别进行开挖；小基坑包括第一基坑和第二基坑两种类型；基坑土方开挖：对所划分的多个小基坑分别进行开挖；第一基坑和第二基坑均采用明挖法开挖，第一基坑采用围护桩、钢筋砼支撑与钢管内支撑进行支护，第一基坑采用围护桩、预应力锚索与钢管内支撑进行支护。本发明方法步骤简单、设计合理、施工方便且施工进度较快、施工效果好，能简便、快速完成深基坑开挖施工过程，并且开挖施工过程对周侧环境影响较小。