本发明公开了一种基于基因组杂合度鉴定猕猴桃杂交种质的方法，涉及植物遗传资源评价和生物技术领域。本方法是：①对样本进行基因组低深度测序；②测序数据的参考基因组比对和单碱基变异位点发掘；③基于单碱基变异位点计算样本基因组水平的杂合度；④构建猕猴桃属主要祖先基本物种杂合度分布规律数据库；⑤将待测样本与数据库进行杂合度比较识别鉴定杂交种质。本发明相比传统分子标记技术大大提高了鉴定的准确性；同时相比传统的形态鉴定方法更加高效快捷，节省鉴定的时间和成本；本方法对不同的测序平台具有广泛的适用性，可对猕猴桃种质资源形成全面的评价应用。