一种基于基因组杂合度鉴定猕猴桃杂交种质的方法

    公开(公告)号:CN104630382B

    公开(公告)日:2016-08-17

    申请号:CN201510114843.9

    申请日:2015-03-16

    IPC分类号: C12Q1/68

    摘要: 本发明公开了一种基于基因组杂合度鉴定猕猴桃杂交种质的方法,涉及植物遗传资源评价和生物技术领域。本方法是:①对样本进行基因组低深度测序;②测序数据的参考基因组比对和单碱基变异位点发掘;③基于单碱基变异位点计算样本基因组水平的杂合度;④构建猕猴桃属主要祖先基本物种杂合度分布规律数据库;⑤将待测样本与数据库进行杂合度比较识别鉴定杂交种质。本发明相比传统分子标记技术大大提高了鉴定的准确性;同时相比传统的形态鉴定方法更加高效快捷,节省鉴定的时间和成本;本方法对不同的测序平台具有广泛的适用性,可对猕猴桃种质资源形成全面的评价应用。

    一套猕猴桃物种关联特异单核苷酸分子标记及其检测引物组和应用

    公开(公告)号:CN106367496B

    公开(公告)日:2019-12-13

    申请号:CN201610771831.8

    申请日:2016-08-30

    IPC分类号: C12Q1/6895 C12N15/11

    摘要: 本发明公开了一套猕猴桃物种关联特异单核苷酸分子标记及其检测引物组和应用。本发明是利用猕猴桃基因组数据库存在的不同猕猴桃物种的测序序列,通过序列比对参考基因组的方式寻找高多样性的单核苷酸变异区域并形成单核苷酸分子标记初选集,在此基础上利用新型质谱仪基因分型平台对单核苷酸变异位点进行实验验证和基因型获取,通过与物种的关联分析筛选物种关联特异的单核苷酸标记,最终得到一套用于猕猴桃杂交资源亲本物种来源鉴定的分子标记,形成本发明的技术方案。猕猴桃杂交资源亲本的鉴定可促进对杂交资源性状和生物特性形成的理解,加速杂交资源的遗传评价和开发利用,有着重要的理论学术意义和较高的经济应用价值。

    一种识别猕猴桃杂交亲本对子代基因组贡献比例的方法

    公开(公告)号:CN106755300B

    公开(公告)日:2019-08-23

    申请号:CN201611013760.1

    申请日:2016-11-17

    IPC分类号: C12Q1/6895 G16B25/00

    摘要: 本发明公开一种识别猕猴桃杂交亲本对子代基因组贡献比例的方法。它包括:对杂交双亲和子代及远缘外类群进行基因组低深度测序;测序数据的参考基因组比对和单碱基变异信息获取;基于单碱基变异的基因组窗口划分和对数可能性估计;分窗口最大可能基因树构建和置信区间估计;杂交双亲在基因树水平与子代遗传关系统计及基因组贡献比例预测。本发明利用整基因组变异信息解析杂交亲本与杂交子代的进化遗传关系,使得对杂交子代特征性状的预测具有较高的准确性;同时使用该方法可以在杂交子代形成的童期对其可能存在的表型特征变异的幅度和方向进行预测,可以极大的促进杂交株系的早期筛选,节省人力物力成本,并大大提高资源发掘利用效率。

    一种基于基因组LoF位点筛查间接关联猕猴桃种性的方法

    公开(公告)号:CN106498070A

    公开(公告)日:2017-03-15

    申请号:CN201611013777.7

    申请日:2016-11-17

    IPC分类号: C12Q1/68 G06F19/18

    摘要: 本发明公开一种基于基因组LoF位点筛查间接关联猕猴桃种性的方法。它包括物种基因组序列的获取;序列的参考基因组比对和变异发掘与分类;LoF变异位点的筛查获取与类型划分;LoF变异位点的功能注释和归类;物种特有LoF变异信息的筛选及种性间接关联分析。本方法相比先前直接的猕猴桃物种种性人工观察和育种实验检测,具有更高的稳定性和重复性,从而使得物种种性的关联预测更加准确;使用本方法可以快速获取并预测特定猕猴桃种质的潜在种性特征和可育种利用价值,大大提高了资源评价和育种应用的效率。

    一种猕猴桃自然杂合子的鉴定方法

    公开(公告)号:CN104152561B

    公开(公告)日:2016-03-23

    申请号:CN201410404558.6

    申请日:2014-08-15

    IPC分类号: C12Q1/68

    摘要: 本发明公开了一种猕猴桃自然杂合子的鉴定方法,涉及植物遗传资源评价和生物技术领域。本方法具体步骤是:①采集待鉴定的自然杂合子样本和假定的对照亲本;②采用微卫星分子标记对所有样本进行基因组遗传分析;③构建所有样本的微卫星分子基因表型数据库;④利用分子表型数据的多元对应分析确定真正的对照亲本;⑤基于对照亲本鉴定自然杂合子。本发明相比传统的猕猴桃自然杂合子鉴定方法,具有分子实验方法简便,分析鉴定流程快速高效等特点;同时本方法可以克服猕猴桃纯和对照样本确定困难、基因组倍性复杂数据不好处理等问题;本方法还可以减轻遗传共祖对杂合子鉴定带来的影响。

    一种猕猴桃自然杂合子的鉴定方法

    公开(公告)号:CN104152561A

    公开(公告)日:2014-11-19

    申请号:CN201410404558.6

    申请日:2014-08-15

    IPC分类号: C12Q1/68

    CPC分类号: C12Q1/6895 C12Q2600/156

    摘要: 本发明公开了一种猕猴桃自然杂合子的鉴定方法,涉及植物遗传资源评价和生物技术领域。本方法具体步骤是:①采集待鉴定的自然杂合子样本和假定的对照亲本;②采用微卫星分子标记对所有样本进行基因组遗传分析;③构建所有样本的微卫星分子基因表型数据库;④利用分子表型数据的多元对应分析确定真正的对照亲本;⑤基于对照亲本鉴定自然杂合子。本发明相比传统的猕猴桃自然杂合子鉴定方法,具有分子实验方法简便,分析鉴定流程快速高效等特点;同时本方法可以克服猕猴桃纯和对照样本确定困难、基因组倍性复杂数据不好处理等问题;本方法还可以减轻遗传共祖对杂合子鉴定带来的影响。

    一种基于基因组杂合度鉴定猕猴桃杂交种质的方法

    公开(公告)号:CN104630382A

    公开(公告)日:2015-05-20

    申请号:CN201510114843.9

    申请日:2015-03-16

    IPC分类号: C12Q1/68

    CPC分类号: C12Q1/6869 C12Q2537/165

    摘要: 本发明公开了一种基于基因组杂合度鉴定猕猴桃杂交种质的方法,涉及植物遗传资源评价和生物技术领域。本方法是:①对样本进行基因组低深度测序;②测序数据的参考基因组比对和单碱基变异位点发掘;③基于单碱基变异位点计算样本基因组水平的杂合度;④构建猕猴桃属主要祖先基本物种杂合度分布规律数据库;⑤将待测样本与数据库进行杂合度比较识别鉴定杂交种质。本发明相比传统分子标记技术大大提高了鉴定的准确性;同时相比传统的形态鉴定方法更加高效快捷,节省鉴定的时间和成本;本方法对不同的测序平台具有广泛的适用性,可对猕猴桃种质资源形成全面的评价应用。

    一种猕猴桃自然杂交种质的发掘与新品种培育方法

    公开(公告)号:CN104160908A

    公开(公告)日:2014-11-26

    申请号:CN201410403307.6

    申请日:2014-08-15

    IPC分类号: A01G17/00 A01H1/02 A01H1/04

    摘要: 本发明公开了一种猕猴桃自然杂交种质的发掘与新品种培育方法,涉及植物遗传育种和生物技术领域。本方法是:①调查猕猴桃属植物自然重叠分布区物种混生居群的分布情况并采集样本;②利用分子标记分析辅助定位杂交带居群;③采集杂交带的种质并在育种园中进行人工驯化;④对人工驯化获得的优株或优系进行品评和大面积区试;⑤注册申请新品种。本发明相比传统的人工杂交育种可以大大缩短育种年限;缩减了目标杂交种质发掘的地理区域,可以克服传统猕猴桃自然种质利用中的盲目性和随机性;可以筛选驯化出传统人工育种所不能预期得到的奇异种质;也不存在生物安全性问题。