本发明提出一种微滤机液位控制装置和基于微滤机液位的控制方法，装置包括微滤机、反冲洗装置、控制器、前液位传感器和后液位传感器，微滤机包括一滤网装置；微滤机置于滤水池内时使得滤水池的入水口与出水口分别位于滤网装置的入水侧和出水侧；前液位传感器和后液位传感器分别置于滤网装置的入水侧和出水侧。在前液位传感器和后液位传感器检测到的前液位深度和后液位深度的差值大于第一预设差值时，控制器控制开启反冲洗装置冲洗滤网装置；这种反冲洗装置的开启是基于滤网装置前后液位的差值进行的，不受滤水池本身水位高低的影响，解决现有微滤机对养殖水的过滤受滤水池水位影响的技术问题。