本发明公开了一种重苯加氢精制清洁燃料油的方法，属于环境保护和能源技术领域。将重苯注入装有加氢催化剂的低温液相加氢塔，进行低温液相加氢，低温液相加氢所使用的催化剂为低金属担载量的硫化物催化剂，作用是去除重苯中碳氮三键和碳碳双键；加氢后重苯进入脱苯塔，脱出苯、甲苯和二甲苯后，剩余组分进入加氢精制塔，进行加氢提质，加氢精制所使用的催化剂为硫化物催化剂，通过单烯烃加氢饱和反应脱除单烯化合物，并脱硫、脱氮、脱氧、除胶质生产得无异味、高品质的汽柴油。本发明提高了重苯利用率、汽柴油品质高、降耗节能、延长了催化剂寿命，增加装置运行安全系数。且工艺简单，且具有良好的经济效益及工业应用前景。