本发明提供了一种利用水生拉恩氏菌制备生物纳米硒的方法，属于微生物应用与纳米硒合成领域。本发明的方法是以硒酸盐或亚硒酸盐为原料，以水生拉恩氏菌为发酵菌，收集发酵培养液，分离并纯化得到纳米硒。本发明方法清洁无毒，环保高效，合成的纳米硒性质稳定，杂质少，粒径均一，分散度好，可用于生产富硒产品。本发明方法弥补传统方法生产纳米硒及富硒产品方式的不足，从而达到环保高效的效果，可广泛应用于富硒产品的开发等领域，具有较好的经济效益和社会效益。