本发明公开了一种用于机械装备结构的模态参数自动识别方法，该方法包括如下步骤：将整个频域区间按照区间宽度分割成宽度相同的频率小区间，统计固有频率落在各频率小区间内的极点总数；将极点总数小于阀值的频率小区间内的极点作为计算极点而剔除，剩余的极点作为物理极点而保留；然后，利用最小方差准则，从上述步骤中剩下的极点中自动识别各阶模态参数。该识别方法可有效区分计算极点与结构物理极点，自动识别结构的模态参数，获得机械结构在工作状态下的动力学特性参数，有效减少模态分析中的人工参与，为机械结构的在线检测、损伤识别等提供了有利的方式。