本发明公开了一种分子标记辅助选育玉米单倍体诱导系的方法及其专用引物。本发明的引物由SEQ ID No.1所示的DNA分子和SEQ ID No.2所示的DNA分子组成。通过试验证明：本发明所提供的分子标记辅助选育玉米单倍体诱导系的方法能直接在苗期鉴定出含有qHI‑1和qHI‑8两个主效QTL位点的单株，淘汰其它基因型，迅速获得两个位点纯合基因型的株系，省去大量不必要的测验和单倍体挑选工作，显著提高单倍体诱导系选育的效率，加速单倍体诱导系选育的进程，增加优良诱导系的育成机率。