本发明公开的一种超滤处理黄霉素发酵液的方法，属于生物化工技术领域，包括以下步骤：1)将黄霉素发酵液用去离子水连续超滤1h，弃去透析液；2)将步骤1)超滤截留的黄霉素发酵液用含有胶束调节剂的水溶液继续超滤1h，收集富集黄霉素的透析液。本发明采用的超滤法先通过去离子水除去发酵液中的小分子杂质，再通过添加胶束调节剂水溶液继续超滤除去大分子杂质，进一步对富含黄霉素的超滤液通过色谱法精制得到黄霉素A组分。与现有工艺相比，工艺简单，操作流程大为缩短，耗能低，绿色环保，适合工业化规模生产。