一种软化处理燃煤电厂脱硫废水的系统及方法，本发明通过设置一级反应箱、一级澄清池、二级反应箱、二级澄清池，通过向一级反应箱内加入石灰乳、硫酸钠、聚合硫酸铁、聚丙烯酰胺，进行一级反应，并经过一级澄清池澄清，去除经一级反应后废水中的Mg(OH)2和CaSO4·2H2O，然后在二级反应箱中进行二级反应，通过向二级反应箱中通入烟气，并经二级澄清池进行沉降，使CaCO3沉淀下来，完成对燃煤电厂脱硫废水的软化处理，本系统结构简单，易于实现，便于工业化生产。本发明在满足软化处理效果的情况下(Mg2+≤5mg/L，Ca2+≤5mg/L)，减少药剂投加量，降低药剂运行成本，从而减少燃煤电厂脱硫废水零排放系统的运行费用，具有重要的经济效益和环境效益。