本发明公开了一种处理CRTS II型板式无砟轨道板接缝处裂缝的方法，该方法基于裂缝的特殊规律，通过对裂缝进行特殊防水处理，保证无砟轨道结构的耐久性，处理裂缝的方法包括切缝，基面处理，分层灌入低粘度聚氨酯防水材料及高粘度有机硅材料等工序。该方法施工简单、方便、经济、耐久、可靠，适用于既有线路CRTS II型板式无砟轨道板接缝处裂缝天窗点的修补作业，可显著改善无砟轨道结构的耐久性，该方法亦适用于裂缝宽度变化幅度很大的钢筋混凝土结构的耐久性改善。