本发明涉及一种判别烟草代谢组学新鲜烟叶样品质量的方法及检测代谢组学烟草鲜叶质量的试剂盒。通过检测新鲜烟叶样品提取液中葡萄糖和绿原酸的含量，建立基于二元逻辑回归的判别模型，对烟草样本质量进行判别。对质量未知的烟草样本，通过检测提取液中葡萄糖和绿原酸的含量，根据已建立的二元逻辑回归模型计算其分类概率预测值，再基于确定的临界值，判断所述代谢组学烟草鲜叶样本质量是否合格，为代谢组学合格样本的选择提供依据。所述试剂盒可实现高灵敏、高效检测本发明涉及的葡萄糖和绿原酸的含量，且具有检测成本低，重复性好的特点。