本发明涉及一种混合储能控制方法，对于由混合储能和分布式电源构成的微网系统进行平滑波动的功率控制；所述混合储能是超级电容和蓄电池组成的混合储能系统；所述分布式电源是风电；所述混合储能控制方法中，对分布式电源输出功率进行傅里叶变换得到的功率波动频谱图，通过二阶低通滤波来确定超级电容和蓄电池各自的功率，作为储能系统恒功率控制的参考值，实现对微网系统的并网联络线输出功率的平滑控制。本发明在满足并网功率波动要求的情况下，可以对二级低通滤波后的参考功率进一步进行修正，基于电池充放电功率限制实现混合储能平滑波动功率控制。