本发明公开了一种海底管道悬跨涡激振动主动监测系统及其方法，涡激振动监测装置用于获取并传输所述悬跨的涡激振动信息，当X轴加速度数据的频率为Y轴加速度数据频率的2倍，悬跨发生涡激振动，涡激振动监测装置将涡激振动频率通过水声信道传输至涡激振动监控中心；接收与显示装置用于通过水声信道接收声信号并转换为电信号，对电信号进行处理，显示涡激振动的频率信息。悬跨未发生涡激振动时，不进行数据传输，涡激振动监控中心保持静默。本发明改变了以往悬跨涡激振动被动监测的观念，涡激振动发生时才进行数据传输，降低了数据传输频率，降低了监测装置的能耗，缩短了确知涡激振动的时间，提高了悬跨监测与治理的效率。