本发明提供一种深槽隔离结构的制作方法，至少包括以下步骤：S1：提供一衬底，在所述衬底中形成至少一个深槽，并在所述深槽中填满多晶硅；S2：进行退火以使所述多晶硅的晶粒结构重组；S3：采用Cl2与HBr的混合气体作为刻蚀气体对所述多晶硅进行回刻，去除所述深槽外多余的多晶硅；S4：采用SF6作为刻蚀气体对所述多晶硅进行过刻蚀，在所述深槽顶部获得平坦的多晶硅表面。本发明不仅可以改善深槽内部及表面的多晶硅接缝现象，提高多晶硅熔合程度，同时可以在所述深槽顶部获得平坦光滑的多晶硅表面的同时减少多晶硅的过刻蚀量，减少深槽顶部的下沉程度。