本发明提供一种FPGA内部功能自诊断方法与系统，对FPGA的输入报文添加CRC校验和，对FPGA的输出报文进行CRC校验，并计数FPGA的输出报文中CRC错误报文的数量，根据CRC错误报文的数量，并通过漏桶算法判断FPGA是否持续出现异常，当FPGA持续出现异常时，发出报警信号。整个过程中，采用CRC校验和漏桶算法，判断FPGA是否持续出现异常，当出现异常时发出告警信号，实现FPGA内部功能自诊断，有效提高FPGA的可靠性。