本发明提供一种超导电路结构及其制备方法，包括：1）提供衬底，在衬底表面对应于后续要形成约瑟夫森结的位置形成应力图案结构，应力图案结构的尺寸大于约瑟夫森结的尺寸；2）在衬底表面依次形成第一超导材料层、第一绝缘材料层及第二超导材料层的三层薄膜结构；3）刻蚀三层薄膜结构以形成底电极及约瑟夫森结；4）在步骤3）得到的结构表面形成第二绝缘材料层，并在第二绝缘材料层对应于约瑟夫森结的位置形成第一开口；5）沉积第三超导材料层，并刻蚀第三超导材料层形成配线层。通过在约瑟夫森结下方形成尺寸比约瑟夫森结尺寸大的应力图案结构，有利于约瑟夫森结中应力的有效释放，从而解决了漏电流，提高了超导电路结构的性能及稳定性。