本发明涉及一种用低共熔离子液分离提取秸秆木质素的工艺方法，其步骤是将秸秆粉原料与低共熔离子液按一定的质量比加入常压反应器中，在110℃～160℃下混合、搅拌反应一段时间后，用碱将该混合物的pH值调至11左右，高速离心，保留上层溶液。再用酸将该溶液的pH值调至3以下，再次离心后将沉淀物用蒸馏水洗涤、离心至上清液呈中性，最后的沉淀物经冷冻干燥得到木质素。其特点是以价格低廉且无毒的氯化胆碱和氢键供体为原料，在非常温和的条件下制备得到低共熔离子液，并用其分离提取稻秸中的木质素，其原料易得，价格低廉、过程简单，条件温和，反应易于控制且可有效降低能源消耗。