本发明公开了一种ε‑聚赖氨酸的制备方法，其特征在于所述方法为：将ε‑聚赖氨酸盐酸盐加入到水中，配制成质量浓度6‑10％的ε‑聚赖氨酸盐酸盐水溶液，调节pH值，获得pH值9‑13的ε‑聚赖氨酸盐酸盐水溶液，采用纳滤膜进行一次浓缩，取一次截留液加水稀释并再次采用纳滤膜浓缩，取再次浓缩的截留液重复稀释和浓缩至截留液中无氯离子检出，取最后一次浓缩的截留液再浓缩至ε‑聚赖氨酸质量浓度20％以上后进行干燥，获得ε‑聚赖氨酸；采用本发明方法，可大批量得到ε‑聚赖氨酸产品，工艺简单，收率高达90％以上，所得产品成型较好，便于储存和运输。