本发明公开了一种含有小球藻生长因子的功能饮料及其制备方法，按重量份数计，所述功能饮料的原料包括：小球藻粉35~40份、苔干20~25份、玛卡18~22份、铁皮石斛10~12份、三七8~10份、黄芪6~9份、蜂胶液12~15份和矫味剂0.1~1份。本发明中小球藻、苔干和玛卡合用，并复配以铁皮石斛、三七和黄芪中药成分，配伍科学合理，协同功效明显，为人体提供完整的营养成分，具有非常显著的抗疲劳、抗癌、抗衰老、活化人体细胞、增强机体的免疫能力以及抵抗外来病毒入侵的功能；利用纤维素酶并结合蛋白酶、木聚糖酶和菊糖对小球藻的细胞壁进行破壁处理，破壁率高达85.5%~87.6%。