本发明提供辅助电源系统以及其运转方法。在连接在多个辅助电源装置的输出线间的跨车间分线盒发生接触不良等的情况下，有全部辅助电源装置发生系统崩溃的危险性。辅助电源系统具有：具备将从架线受电的电力变换成交流电力的逆变器的多个辅助电源装置；在来自辅助电源装置的输出线跨越车辆间时连接输出线的跨车间分线盒；和设置在输出线间的电磁接触器，辅助电源装置具备控制逆变器以及电磁接触器的控制装置，控制装置在给定时间内探测到给定次数以上的与逆变器的输入或输出相关的状态量的异常状态的情况下，使电磁接触器开路。