本发明公开了一种用于在自动缺陷分类流程中管理缺陷的方法及系统。该方法包括：基于对目标试样的检查，接收一个缺陷记录；从设计数据库中，对所述缺陷记录中一个缺陷的位置周围的一个区域，提取与其关联的相关设计数据；通过处理器，基于所述区域所关联的所述相关设计数据执行光刻仿真，以确定一个背景区域的仿真图像；通过所述处理器比较所述背景区域的仿真图像与所述缺陷记录中所述缺陷的一个缺陷图像以判断所述背景区域与所述缺陷图像是否匹配；基于所述背景区域与所述缺陷图像相匹配的判断，定义所述缺陷为系统缺陷。