本发明公开了一种样品缺陷检测装置，属于半导体检测技术领域。该样品缺陷检测装置包括：用于产生并执行电子束照射的电子束聚焦系统；装载锁定室，真空工作腔，该真空工作腔与该装载锁定室连接，该电子束聚焦系统的电子束透镜的镜筒设置在该真空工作腔中，且在该真空工作腔中设置有传输装置，其中，该传输装置包括至少一个机械手，该至少一个机械手中的每个机械手在第一位置、第二位置和第三位置之间进行传输运动，其中该第一位置是从装载锁定室传输出待检测样品或将检测后的样品传输入到装载锁定室的位置，该第二位置是从该真空工作腔中的样品台传输出或传输入样品的位置，第三位置是该至少一个机械手等待传输样品的等待位置。