本发明的目的是建立一种基于全基因组选择的鱼类抗病良种培育方法，弥补传统育种技术的不足，为鱼类抗病高产优质良种培育提供分子育种方法，解决鱼类养殖业中缺乏全基因组选择方法的问题，为鱼类养殖业提供抗病优良品种选育的技术手段，实现鱼类育种技术的更新换代，推动鱼类种业快速发展。本发明的方法获得的抗病苗种的抗病力明显提高。实验结果表明通过全基因组选择方法培育的抗病苗种的感染存活率和养殖存活率比对照组高出20％‑30％；通过这种方法可以快速、高效培育出鱼类抗病优良品种，提高鱼类的抗病能力和养殖成活率，在鱼类养殖业中具有重大的应用价值和广阔的推广前景。