本发明公开了一种皮芯结构聚（3‑羟基丁酸酯‑co‑3‑羟基戊酸酯）(PHBV)纤维、非织造材料及其制备方法，该纤维的芯层为3‑羟基戊酸酯(HV)含量为0～20mol％的PHBV，皮层为HV含量为20～100mol％的PHBV，皮层的熔点小于芯层的熔点。皮芯结构PHBV纤维的制备方法为：原料烘干后分别加入到复合纺丝机对应的料斗中，通过熔体输送——纺丝——吹风冷却——卷绕喂入——油浴拉伸——蒸汽浴拉伸——紧张热定型——上油——叠丝——卷曲——松弛——切断工序制得皮芯结构PHBV短纤维。对应非织造材料的制备方法为：(1)以皮芯结构PHBV短纤维为原料，进行梳理成网，制得皮芯结构PHBV纤维网；(2)对皮芯结构PHBV纤维网进行热粘合得到PHBV非织造材料，热粘合的温度介于皮层和芯层的熔点之间。所得的PHBV非织造材料主要应用于医疗卫生等领域。