本发明公开微生物检测领域中基于微流控芯片的作物真菌病害预防检测装置与方法，步进电机的输出轴垂直向上且固定连接于微流控芯片的中心，在微流控芯片上设置有多级相同的微流控检测通道，气动电磁阀组由多个相同结构的气动电磁阀组成，每个气动电磁阀进气口一端均经一根抽气软管连接一个芯片抽气口，气动电磁阀气道另一端经气动电磁阀出气口与微型气泵相连；采用阵列旋转式的微流控芯片捕捉结构，具有自发过滤、负压吸气、富集检测、电动抽气等功能，既能实现野外现场同一种作物真菌病害的高通量检测，也能实现不同作物真菌的便携、快速、高效的捕捉，实现病害早期检测预警。