本发明提供了一种黑壳长牡蛎新品系的制种方法，首先初步筛选出两贝壳都是黑色，外套膜是黑色，出肉率高，壳型规则的类群作为核心群体；采用截头选择法优选出贝壳黑色，出肉率高，外套膜黑色的长牡蛎个体作为优选群体，并作为繁殖群体，按照常规贝类育苗方法进行子代培育，获得黑壳新品系F1；通过家系选育的方式，对黑壳性状进行进一步纯化，形成二代选育家系F2；最后通过若干代连续纯化，获得了性状稳定的新品系。本发明能够获得长牡蛎壳黑新品系，且遗传性状稳定，得到新品系牡蛎的外套膜黑色素和出肉率均大幅提高。