本发明公开了一种基于SDN的数据传输方法、SDN控制器和SDN系统，其中的方法包括：SDN控制器接收到管理平台发送的加密数据通知消息，基于加密数据通知消息判断传输的数据是否需要加密，如果是，则计算出需要加密传输的数据的转发路由，并使此转发路由经过加密设备，如果判断传输的数据不需要加密，则计算出不需要加密传输的数据的转发路由，并使此转发路由不经过加密设备。本发明的基于SDN的数据传输方法、SDN控制器和SDN系统，能够只对需要进行加密的重要数据进行加密传输，而无需加密的非重要数据则可以不经过加密设备处理，降低了数据的处理成本和处理造成的时延，基于网络路径对数据进行分类处理，减少了复杂的数据分类分析，提升资源的利用率。