本发明公开了一种耐氟浸矿菌组合及其工程连续扩大培养方法及应用，该耐氟浸矿菌组合由Acidithiobacillus ferrivorans Retech KF‑Ⅰ、Acidithiobacillus ferrooxidans Retech KF‑Ⅱ、Acidithiobacillus ferrooxidans和Leptospirillum ferriphilum Retech的共培物KF‑Ⅲ组成。该菌组合能适应酸性含氟条件生长，并具有快速氧化Fe2+为Fe3+的能力。可利用工程连续扩大培养设备，进行菌组合的规模培养，生产含有浸矿菌种和Fe3+的双重氧化作用的溶浸剂，同时返回部分菌液用于接种，此方法培育的菌种活性稳定，且适应性好，可以在生物冶金领域里得到广泛应用。