本发明公开了一种耐高温复合微孔隔膜及其制备方法。所述的高温复合微孔隔膜，具有聚乙烯层/聚萘酯层双层结构或者是聚萘酯层/聚乙烯层/聚萘酯层三层结构，其中：聚萘酯层由以下重量百分比的组分制成：聚萘二甲酸乙二醇酯40～64.9％、成孔剂35～59.5％、抗氧剂0.1～0.5％；所述聚萘二甲酸乙二醇酯的平均分子量为2×104～3.5×104，熔点为250～270℃，玻璃化转变温度为110～130℃，特性粘度为0.8～1.2dL/g；聚乙烯层由以下重量百分比的组分制成：高密度聚乙烯35～64.9％、超高分子量聚乙烯0～20％、成孔剂35～44.5％、抗氧剂0.1～0.5％；所述高密度聚乙烯的分子量为2.5×105～4.5×105，超高分子量聚乙烯的分子量为1.5×106～2.5×106。本发明所述高温复合微孔隔膜具有高的熔破温度和低的闭孔温度，且力学性能良好。