本发明涉及海底隧道工程，特别是一种用于沉管安装的声呐偏差测控系统及偏差测控方法。本发明提供的用于沉管安装的声呐偏差测控系统及用于沉管安装的声呐偏差测控方法，在安装船上设置声呐送受波器，同时在已安装管节及待安装管节的上表面特征点位置设置声波应答器，在管节对接安装过程中，通过不断检测待安装管节上应答器与已安装管节上应答器的距离，得出待安装管节与已安装管节的相对位置信息，通过该相对位置信息调整控制管节的安装过程，保证管节对接安装精度，解决了传统的GPS定位方法无法在水下使用的难题。