本发明公开了一种基于自然转化的拟态弧菌高效遗传重组方法及应用，该方法以拟态弧菌SCCF01株基因组为模板，使用目的基因上臂和目的基因下臂引物对扩增目的基因上臂序列和下臂序列；并扩增卡那霉素抗性基因片段；将扩增得到的卡那霉素抗性基因片段、目的基因上臂序列和下臂序列片段进行融合，得到含有卡那霉素抗性基因片段、目的基因上臂序列和下臂序列片段的融合PCR产物；将获得融合PCR产物与受体拟态弧菌SCCF01株进行自然转化，经过对抗性标记基因的筛选，获得拟态弧菌SCCF01株的缺失株。本发明操作过程相较于自杀质粒介导的基因重组技术和λ‑RED重组技术，无需电转质粒或打靶DNA，操作简单。