本发明公开了一种提高涡扇发动机控制系统性能的方法及其系统，在具有单独第一控制器K的原涡扇发动机控制系统中，增加第二控制器Ks；从而在涡扇发动机控制系统特性固定、PID控制器系数、传感器和执行机构参数确定的情况下，采取切换控制改善系统动态特性；所述方法包括：1、保留原第一控制器K，增加第二控制器Ks；2、选择第二控制器Ks，使其单位阶跃响应性能优于第一控制器K的性能；3、切换逻辑设计：在单位阶跃响应的情况下，将切换逻辑设计为当输出响应达到某一设定阈值作为切换条件；4、阈值设计：找出阈值e，使得调节时间ts最优；5、数值仿真验证：采取切换控制改善所述系统的动态特性。本发明计算资源占用小，设计与调试简便易行。