本发明公开了一种基于干涉增强的快速高效自适应光学成像补偿方法与系统。对数字微镜器件进行分区，将其等分为两部分；保持第二部分分区不变，第一部分内各分区同时以不同的频率对光束进行强度调制，光束聚焦后激发出强度变化的荧光，被光电倍增管接收记录；荧光信号做傅里叶变换后得到各分区对应的补偿相位；保持第一部分分区不变，对第二部分分区光束进行强度调制得到另一半补偿相位；标记相位值大于π的分区；数字微镜器件加载标记分区后，将其对应光束进行相位补偿后，在样品内形成中心光强更强的聚焦光斑。本发明从光学干涉原理与相位补偿出发，提升了散射介质内部深处成像光束自适应聚焦速度及聚焦质量，为非侵入型光遗传学与活体深层高分辨显微成像领域提供了新的技术方法。