本发明公开了一种基于北斗卫星的含分布式电源配电网的孤岛控制保护方法，包括以下步骤：1)数据采集执行终端检测含分布式电源配电网的运行状态数据，再将含分布式电源配电网的运行状态数据通过北斗卫星发送至地面站中；2)地面站将含分布式电源配电网的运行状态数据发送至指挥总站中，指挥总站根据含分布式电源配电网的运行状态数据判断含分布式电源配电网是否存在孤岛运行，当含分布式电源配电网存在孤岛运行，则产生控制指令，然后将控制指令通过北斗卫星发送至数据传输设备中；3)数据采集执行终端根据控制指令切除含分布式电源配电网，该方法能够基于北斗卫星的含分布式电源配电网的孤岛控制保护。