本发明公开了一种提高短短芽孢杆菌细菌素生产水平的发酵方法，先获取菌种，然后将获取的菌种接种到发酵培养基中进行发酵获得短短芽孢杆菌细菌素，根据菌体发酵开始后前6～18h的对数生长期和菌体发酵开始18h后至发酵结束的稳定期生长状况按照发酵时间进行分段调整。在短短芽孢杆菌细菌素发酵过程中按时间分段调控发酵体系的温度、溶氧、以及pH，通过以上参数的调整可使发酵前期菌种能够快速稳定的生长，发酵中后期菌种能够高效稳定的产细菌素，降低其它副产物的生成。