本发明提供一种双层车体装配系统及方法，双层车体装配系统包括车体底架支撑和上层地板支撑，所述车体底架支撑在装配过程中用于支撑车体底架，所述车体底架支撑包括横梁、端部支撑以及中间支撑，其中，所述横梁的两端分别设置有所述端部支撑，所述横梁的中部设置有所述中间支撑，所述端部支撑的高度大于所述中间支撑的高度，所述端部支撑的上表面与所述中间支撑的上表面用于与车体底架的下表面贴合设置，所述上层地板支撑可拆卸的设置在车体底架上，用于对车体的上层地板提供支撑。该双层车体装配系统满足了双层车体底架下表面高低不同的支撑要求，而且在装配过程中能够保证车体断面的刚度和强度要求。