本发明属于烟草微生物发酵技术领域，具体涉及一株用于降解烟叶中蛋白质的短小芽孢杆菌SMXP‑03菌株及其在烟叶发酵中的应用。该菌株为短小芽孢杆菌 SMXP‑03，现保藏于武汉中国典型培养物保藏中心，保藏编号为CCTCC NO:M 2017291。本发明通过特定菌株的筛选，设计了较为简便的菌剂处理烟叶的技术方案，使得本发明具有：工艺流程较为简便，烟叶处理成本较低，且处理周期较短，可明显降低烟叶中的蛋白质含量等技术优点，因而在卷烟制造技术领域具有较好地推广应用价值。