本发明提供了一种复合生物消解剂及其制备方法和其应用。本发明提供的生物消解剂将康宁木霉菌种提取液、地衣芽孢杆菌菌种提取液、热脂肪地芽孢杆菌菌种提取液、黑曲霉菌种提取液、构巢曲霉菌种提取液混合均匀，得到混合提取液，再将沸石浸没于所述混合提取液中，浸泡后取出，干燥即得。2016年利用本发明提供的生物消解剂治理上海普陀区某黑臭河道，实验结果表明本发明提供的生物消解剂可显著降低黑臭河道中的CODcr、BOD5、NH3‑N和TP值。