本发明属于油田化学助剂技术领域，具体涉及一种油井微生物复合解堵的方法，该方法具体包括以下步骤：油井取芯进行堵塞物的分析；有机和无机解堵剂的浓度确定；有机和无机解堵剂注入量的确定；有机和无机解堵剂注入方式的确定；现场试验及效果评价。本发明不仅能彻底清除掉油井的无机垢和矿物质等无机堵塞物，同时能有效地清除掉油井胶质、沥青质和蜡等有机堵塞物，增加了地层的渗流能力从而增加了油井产能；同时具有工艺合理、操作方便、腐蚀低、环保性能好和现场试验效果好等优点。因此，可广泛地应用于油井的解堵工艺中。