本发明涉及一种车用燃料电池发动机在动力总成回路的动态测试方法，包括：S1，对车辆建立动力系统模型；S2，将工况序列作为模型的输入；S3，将实时计算机分别与燃料电池发动机、电子负载和数据采集系统进行数据通信连接，电子负载和数据采集系统分别与燃料电池发动机连接；S4，将模型与工况序列布置在实时计算机中；S5，加载工况，运行实时计算机中的模型，完成工况循环；S6，根据采集的数据，评估燃料电池发动机的动态性能。与现有技术相比，本发明在试验平台中加载整车动力系统模型，通过传感器与电子负载的连接，与被测对象燃料电池发动机系统实物形成闭环，可实现在试验台架上获取燃料电池发动机在道路试验中表现性能的目的。