本发明公开了一种基于多项式重构的APUF安全认证方法，该方法包括注册和认证两个阶段。在注册阶段，服务器随机产生大量激励和一个随机数k，APUF产生相应的响应作为横坐标。在以CRC编码后k为系数的多项式中找出相对应的真实点，并加入大量的杂凑点形成点集V。将激励、点集V以及哈希后的多项式系数hash(k)保存在服务器端。在认证阶段，用户手中PUF电路产生响应并随机化，在点集V中查询相对应的真实点用于构造多项式，得到多项式系数。hash()与hash(k)进行对比认证，相同则认证成功。本发明APUF响应随机化处理以及杂凑点的加入，可以抗机器学习攻击保证数据安全可靠。