本发明涉及一种基于身份认证的铁路电子运统46系统，包括电子运统46客户端、电子运统46应用服务器、数据库服务器、实时通信服务器、施工计划接口服务器、TDCS/CTC接口服务器以及身份认证设备；所述的电子运统46客户端与电子运统46应用服务器连接，所述的电子运统46应用服务器与数据库服务器连接，所述的实时通信服务器与电子运统46客户端连接，所述的施工计划接口服务器与数据库服务器连接，所述的TDCS/CTC接口服务器与实时通信服务器连接，所述的身份认证设备与电子运统46客户端连接。与现有技术相比，本发明具有实现对铁路“运统‑46登记簿”无纸化作业和高效、安全、可控管理等优点。