本发明涉及植物组织培养技术领域，提供了一种余甘子组织培养的方法，将余甘子半木质化枝条作为外植体，依次进行诱导培养、增殖培养和生根培养，得到的生根苗经炼苗移栽后，得到余甘子组培苗。本发明的生根培养基以1/2MS培养基为基准，包括NAA 0.2～0.8mg/L，KT 0.1～0.6mg/L，含铈可溶性化合物0.1～0.2mM，琼脂8～11g/L和蔗糖25～35g/L。本发明的生根培养基能够促进芽苗根系的形成和生长，生根率能够达到80％～85％，有效的解决了生产中余甘子组培繁殖过程中生根率低的限制。