本发明公开了一种辐射检查系统和辐射检查方法。辐射检查系统包括辐射源和射束调制装置，射束调制装置包括设置于辐射源的射束出射侧的第一准直结构和设置于第一准直结构的射束出射侧的第二准直结构，第二准直结构与第一准直结构相对可动地设置以改变第一准直结构的第一准直口和第二准直结构的第二准直口的相对位置，使射束调制装置在第一工作状态和第二工作状态之间切换，其中，在第一工作状态，射束调制装置将初始射束调制为扇形束，在第二工作状态，射束调制装置将初始射束调制为位置可变的笔形束。本发明的辐射检查系统和辐射检查方法可以兼顾检查效率和检查精度。