本发明公开了一种适用零碳建筑的多能互补系统优化运行方法，多能互补系统包括集成并应用于低碳建筑的风力发电系统、光伏发电系统、储能系统，该多能互补系统优化运行方法先采用拉丁超立方抽样法对风力发电及光伏发电两种新能源出力进行抽样，生成新能源出力场景；再采用K-means聚类算法进行新能源出力场景聚类，获得目标场景集合；最后对目标场景集合求解，实现多能互补系统并网运行的弃电量和弃负荷电量之和最小。本发明有效提高清洁能源的利用率，减少低碳建筑的购电量。