本发明提供了一种选择性检测细胞内RNA G-四链体的荧光探针及其制备方法和应用。所述荧光探针，其结构如式（Ⅰ）所示； ；其中，Ar为芳香环或芳香杂环；R1为氟、氨基或胺类取代基；A-为N甲基化阴离子、碘离子、对甲苯磺酸离子或三氟甲磺酸离子。本发明提供的荧光探针在细胞内可以特异性地检测识别RNA G-四链体，检测过程不受其他组分的干扰，实现了实时跟踪活细胞中RNA G-四链体运动过程以及折叠与去折叠的过程；同时所述荧光探针的制备过程简单、成本低廉，并且结构稳定，便于储存，在RNA G-四链体生物学功能研究上具有广阔的应用空间。