本发明涉及微生物领域，公开了一种玉米赤霉烯酮降解酶及其基因和制备方法及应用以及降解玉米赤霉烯酮的方法。具体地，本发明提供了一种玉米赤霉烯酮降解酶，该玉米赤霉烯酮降解酶具有如下(a)和/或(b)所示的氨基酸序列：(a)SEQ ID NO：1所示的氨基酸序列；(b)SEQ ID NO：1所示的氨基酸序列中第1、2和4‑264位氨基酸残基中的一个或几个经过取代、缺失或添加后仍具有玉米赤霉烯酮降解酶活性的氨基酸序列。本发明提供的玉米赤霉烯酮降解酶可以高效且快速地降解ZEN，具有良好的工业应用前景。