本发明公开了一种数字充电机的直流输出低频纹波补偿电路及控制该电路的方法，包括交流电源、主功率电路、控制电路、动力电池和总线通讯电路；所述的主功率电路用于将交流电源转化为直流电源，并对动力电池充电；控制电路用于对主功率电路进行控制；该控制电路通过总线通讯电路与外部控制单元进行通讯。该控制方法分为：1、开始；2、上电自检及捕获单元初始化；3、是否有脉宽调制信号捕获中断发生；4、脉宽调制信号捕获是否正常；5、计算输出的交流电压频率及相位；6、采样输出电压电流做闭环控制；7、定时对输出电压电流做闭环控制；8、将补偿量叠加在实际输出控制量上；9、利用单片机的脉宽调制信号电路产生驱动信号。